2008年5月30日，软件所召开了全体职工大会暨第六届第二次职工代表大会。　 
　　上午，会议在雄壮的国歌声中拉开了帷幕，软件所全体在职职工和离退休职工、研究生的代表参加了会议。
　　会上，李明树所长在报告中再次阐述了坚持创造良性循环的发展环境，显著提高科技创新能力，进一步优化科研、管理组织机构，建立优势科研、管理人才队伍，努力构建团结向上的创新文化等本届班子的任职目标和年度分解计划；总结了软件所2007年度工作目标及完成情况，特别是在创新基地部门调整与国家级科研机构组织、基础设施建设和产学研、院地与国际合作等方面取得的进展；还提出了2008年度在重大科技创新活动、科技创新网络构建、成果转化和产业化、体制机制建设等重点工作方面的部署。
　　李玉成书记在报告中介绍了软件所中长期（2006年-2020年）发展规划纲要和重点学科（方向）领军人物及团队建设、杰出青年人才、国际交流与合作等12个专项计划，以及《促进科技成果转化与产业化的办法》等相关程序文件。该规划自2007年8月启动，在制定过程中经历了多次研讨并反复征求各方面意见，不断加以修订完善，在本次会议上正式提交职工代表大会进行审议。
　　黄涛副所长宣读了2007年度软件所先进集体表彰决定。所领导班子为信息安全国家重点实验室、计算机科学国家重点实验室、软件工程技术研究开发中心、互联网软件技术实验室、综合信息系统技术国家级重点实验室五个科研部门颁发了奖状。
　　随后，人力资源处张建昌处长宣读了所务会关于职工生活补助的提案并做职工福利说明报告。
　　工会罗亚非副主席在报告中总结了2007年软件所工会在深入推进所务公开工作，加强民主管理、丰富职工文化生活，促进文化建设，提高工会工作水平等方面所做的工作和体会。并提出在2008年的工作中，工会要进一步加强基础性工作建设，在所党委领导下依靠全所职工开创工会工作新局面。工会经委会朱少华主任报告了工会财务预决算情况。
　　下午，软件所职工正式代表和列席代表共50余人，分三组对上午的报告，特别是所长的工作报告和软件所中长期发展规划纲要进行了充分讨论，并进行大会交流，形成了相关会议决议。
　　代表们认为所长的工作报告实事求是、内容丰富、思路清晰；软件所中长期发展规划纲要及12个专项计划等，指明了软件所到2020年的发展方向，并提出了切实可行的保障措施，高瞻远瞩，目标明确。报告内容令人鼓舞，同时也激发了广大职工的责任感和使命感。
　　职代会常设主席团主席戴国忠研究员在大会总结发言中，首先高度评价近两年来职代会和年度工作会议联合召开的形式，既体现民主，又提高效率，使职工代表从原来只关心个人情况，发展到真正参与到了研究所的管理工作中。戴国忠主席认为所长的工作报告表现了本届班子务实和民主的工作作风、公开透明的与职工交流渠道以及对解决未来发展问题的多维思维，比如为了鼓励研究人员参加国际交流是通过给条件而不是施压力的方式。在此基础上，他对软件所中长期发展规划纲要制定的动机和目的给予了深刻阐述，道出了广大软件所职工的心声----中长期发展规划纲要对软件所的发展实在是太重要了，是用机制体制的办法，解决研究所的可持续发展。因此，他呼吁广大职工要有荣誉感、责任感和危机感，狠抓纲要的贯彻和落实，把纲要变成行动，把行动变成规范。最后，戴国忠主席以“我愿是棵草，生根又发芽”与大家共勉，衷心希望软件所蓬勃发展，事业不断壮大。
　　大会圆满完成了各项会议议程，在高亢的《国际歌》声中顺利闭幕。