11月18日至24日，根据开展深入学习实践科学发展观活动实施方案“学习调研”阶段“深入调研”环节的具体安排，软件所党委委员、领导班子成员李明树所长、李玉成书记、黄涛副所长分别带队到全所8个科研部门进行调研。同时，由李玉成书记主持，召开了机关管理与支撑、离退休人员和研究生三个意见征求座谈会。至此，软件所的调研覆盖面达到了100%。
　　在所领导调研前，软件所学习实践活动领导小组进行了周密部署，确立了党员领导干部联系部门责任分工，成立了三个调研小组，小组成员由所班子成员、所长助理和党委委员组成。所党委制定了科研部门、管理与支撑部门、所投资公司三个类别的调研讨论提纲，要求各支部在认真学习科学发展观理论的基础上，组织广大党员、群众紧密联系研究所科技创新和部门实际工作，解放思想，转变观念，查找影响研究所、部门与支部及职工个人发展的突出问题，首先形成支部调研报告。确保在随后的所领导调研中，各部门能集中反映问题，提高调研工作质量和效率。11月18日、20日、24日三天，李明树所长、李玉成书记、黄涛副所长分别带队走访了软件所全部的实验室和工程中心，听取支部书记或部门负责人关于学习实践科学发展观成效和问题调研的报告，与科研和管理骨干人员广泛交流，进一步征求广大党员和群众的意见。
　　所领导班子花大气力集中到全所各部门征求意见、开展调研，使广大党员和群众看到了软件所开展深入学习实践科学发展观活动的实际行动，感受到所领导落实科学发展观的使命感和推动研究所更好更快发展的责任感。部门的报告充分反映实际情况，在与所领导的座谈中大家更是畅所欲言。反映的问题包括科研工作、学术氛围、人才吸引与培养、薪酬制度、成果转化、科研经费管理、部门合作、房屋租赁、孩子入学等生产生活各方面困扰部门和职工的问题。
　　当前，软件所正在根据各方调研结果，本着“提高思想认识、解决突出问题、创新体制机制、促进科学发展”的指导思想，对查找到的问题、意见与建议进行梳理、归类，突出重点，以便形成领导班子专题调研报告，在活动的第二阶段“分析检查”阶段，深刻分析形成问题的主客观原因，特别是主观原因，着力破解发展难题，确定贯彻落实科学发展观的主要思路和加强领导班子建设的具体措施。