根据中科院党组、京区党委开展深入学习实践科学发展观活动的进程安排，软件所于2008年12月31日，召开了软件所领导班子贯彻落实科学发展观分析检查报告评议大会。
　　会议由黄涛副所长主持。李玉成书记代表所党政班子做《软件所领导班子贯彻落实科学发展观分析检查报告》。所班子成员李明树所长、赵琛副所长，及党委委员、纪委委员、中层干部、党支部书记、工青妇负责人、职代会代表、民主党派代表、无党派人士、离退休人员代表、研究生代表、拥有高级技术职称的党员同志等，共64人出席了会议。
　　对照科学发展观本质要求，在总结前期活动成果的基础上，软件所领导班子认真查摆贯彻落实科学发展观方面存在的突出问题，深刻分析形成问题的主客观原因，特别是主观原因；集思广益，充分调动、吸收、运用广大科研和管理骨干人员的智慧，着力破解研究所面临的发展难题。通过召开所务会、科研管理骨干座谈会、电子邮件等多种方式，广泛征求各方意见，及时吸纳正确的意见与建议，反复修改、完善分析检查报告，确定了软件所贯彻落实科学发展观的主要思路和加强领导班子建设的具体措施等。
　　分析检查报告分别从“近年来贯彻落实科学发展观取得的成效、深入学习实践科学发展观的认识和体会、贯彻落实科学发展观存在的问题及原因分析、贯彻落实科学发展观的总体思路与举措”等四个方面，深刻剖析了软件所在改革发展过程中，不可避免要面对的外在危机和需要逐步解决的实际问题，详细阐述了下一步工作的总体思路与举措，包括“完善监督制约机制，规范民主决策程序；提升科技自主创新能力；加强人才的引进、培养与稳定；加大所内学术交流与成果转化；深层次开展研究生心理素质教育；稳步提高机关的管理和服务职能；进一步推进党支部建设，提高党员党性觉悟”等七个方面内容。
　　参加评议的各方代表，当场对分析检查报告进行评议。统计数据表明，大家对领导班子的分析检查报告是充分认可的。正如有职工在评议表中写到“报告认真、全面、深刻、实事求是！相信通过科学发展观的学习，对进一步提升软件所创新能力和目标实现，起到非常重要的推动作用！”。
　　在接下来学习实践活动的第三个阶段“整改落实”阶段，软件所将以分析检查报告为依据，针对查摆出来的突出问题和需要完善的规章制度，按轻重缓急和难易程度，明确整改落实的目标、方式、时限，及具体部门和相应措施等，以期达到“党员干部受教育、科学发展上水平、人民群众得实惠”的实际效果，努力开创我所改革创新发展的新局面。