2009年4月28日，软件所召开了全体职工大会暨第六届第三次职工代表大会。软件所全体在职职工、离退休职工以及研究生代表参加了会议。
　　会上，李明树所长作了软件所2008年度工作总结和2009年度重点工作部署报告。报告中，李明树所长从本届班子的10项任职目标以及2008年度工作目标出发，就创新三期任务、科技创新能力提升、组织机构优化、基本制度建设、产学研、院地与国际合作等10个方面的工作进行了总结和分析。同时，对建立和完善开放创新价值链体系，推进研究所中长期发展规划的实施，规范和优化研究所管理体制机制等重点工作进行了部署。
　　李玉成书记从研究所总体预算，各业务部门预算，中长期发展规划专项计划经费预算等方面详细介绍了软件所2009年度预算情况。
　　黄涛副所长宣读了2009年度软件所先进集体表彰决定。所领导班子为计算机科学国家重点实验室、信息安全国家重点实验室、软件工程技术研究开发中心、互联网软件技术实验室、综合信息系统技术国家级重点实验室五个科研部门颁发了奖状。
　　操云甫所长助理作了软件所中长期发展规划2009年度专项计划实施计划说明。徐帆江所长助理传达了院安全、保密工作会议精神。
　　下午，职代会正式代表及列席代表共64人参加了大会。工会副主席罗亚非报告了2008年度工会工作情况,并提出所工会以参政议政、为职工办实事为要务，继续按照上级工会的要求并结合我所的实际，进一步发挥工会组织的职能作用，以更加出色的工作为软件所的创新发展事业保驾护航。
　　工会副主席谢京红作了2009年度职工疗休养计划报告。工会经审委主任朱少华报告了工会预决算审查情况。所长助理张晓刚作了离退休特困职工帮扶工作实施办法说明。
　　与会代表分三组对以上报告,特别是中长期发展规划的具体操作问题和人才的引进与培养问题进行了认真、热烈的讨论，形成并通过相关会议决议。会议一致认为所长报告实事求是、内容丰富,提出的指导思想和主要任务，思路清晰，目标明确，令人鼓舞。大家表示一定要振奋精神，坚定信心，扎实工作，把握新的形势，应对新的挑战，务实创新，奋发向上，为全面完成研究所创新三期各项任务，建设和谐奋进的软件所而努力奋斗。
　　职代会常设主席团主席戴国忠研究员对大会进行了总结发言。戴国忠主席认为所长的工作报告内容翔实，贴近实际，符合科学发展观的内在要求；他同时强调，认识当前软件行业在国家信息产业中所处的位置，明确发展方向，注重人才培养，对促进软件所的科学发展具有重要意义。