研究生部是负责研究生教育和管理的专门机构。主要工作职责：贯彻落实国家、中国科学院等有关研究生教育和管理工作的方针、政策，负责制定软件所研究生教育和管理的各项规章制度与组织实施。

主要工作包括：研究生招生、培养、学位、就业、思政教育以及导师队伍建设、学科建设等工作。